Seri kedua Pedang Kayu Harum ini berkisah tentang tokoh sentral Yap Kun Liong, putra dari Yap Cong San dan Gui Yan cu, suami istri yang merupakan sahabat baik dari Pendekar Sakti Cia Keng Hong. Tumbuh dengan kenakalan masa kecil yang menyebabkannya meninggalkan kedua orang tuanya, Yap Kun Liong mengalami berbagai petualangan yang hampir merenggut nyawanya. Dia sangat beruntung karena menjadi murid dari tokoh sakti mantan ketua Hoa-san-pai, Bun Hwat Tosu mendapat ilmu yang bisa menangkal Thi-Khi-i-Beng dan mantan ketua Siaw-lim-pai, Tiong Pek Hosiang yang merupakan kakek gurunya. Bahkan Supeknya, Pendekar Sakti Cia Keng Hong yang melihat bakatnya yang luar biasa, mewariskan ilmu mukjizat Thi-Khi i-Beng kepadanya. 

Terakhir ia malah secara kebetulan menemukan kitab ilmu silat sakti Keng Lun Tai Pun peninggalan raja besar Bun Ong di sebuah pulau. Berjiwa bebas dan digilai banyak wanita. Ciri khasnya adalah kepalanya yang gundul plontos sejak kecil akibat terkena jarum racun Ouwyang Bouw, meski akhirnya tumbuh kembali setelah memakan telur ular hitam. Mempunyai seorang putri (Yap Mei Lan) hasil hubungan semalamnya dengan Lim Hwi Sian yang mencintainya. Menikah dengan Pek Hong Ing, lalu menikah lagi dengan Cia Giok Keng di usia senja setelah meninggalnya Pek Hong Ing.